Azərbaycan Demokratik Respublikasının Parlamentinin 1919-cu il fevralın 18-də keçirilmiş 15-ci iclasında Azərbaycan parlamentinin mühafizə dəstəsinin yaradılması haqqında Qanun qəbul edilmişdir. Qanuna əsasən parlamentin ixtiyarında olan “Məclisi Məbusan Xassə Qoruyucu Bölüyü” yaradılmışdır. Əvvəllər birinci tatar alayının rotmistri vəzifəsində xidmət etmiş podpolkovnik Nağı Əlizadə mühafizə bölüyünün rəisi vəzifəsinə təyin olunmuşdur. Qanuna əsasən parlamentin mühafizəsi üçün 8-i baş əsgər, 192-si əsgər olmaqla 200 nəfərlik dəstə yaradılmalı, onun şəxsi heyəti parlamentin Rəyasət Heyəti tərəfindən formalaşdırılmalı və bilavasitə Rəyasət Heyətinə tabe edilməli, dəstənin saxlanılması üçün dövlət xəzinəsindən iki milyon iki yüz min manat vəsait ayrılmalı idi. 

Azərbaycanda sovet hakimiyyəti qurulduqdan sonra xüsusi mühafizə xidməti bir çox dəyişikliklərə uğrasa da, zəruri qurum kimi inkişafını davam etdirmişdir. Belə ki, 1931-1935-ci illərdə Xalq Daxili İşlər Komissarlığının mühafizə şöbəsi (5-ci xüsusi diviziya), 1936-1972-ci illərdə Bakı şəhər İcraiyyə Komitəsinin Daxili İşlər İdarəsinin 2-ci Divizionu, 1972-ci ildən 1991-ci ilədək Azərbaycan SSR Daxili İşlər Nazirliyinin Partiya-sovet orqanlarını mühafizə şöbəsi adlanmışdır. Bu qurum 1991-ci ildə Azərbaycan müstəqilliyini bərpa etdikdən sonra sentyabrın 25- dən dekabrın 5-dək Prezident Aparatı yanında Mühafizə İdarəsi kimi fəaliyyət göstərmişdir. Həmin il dekabrın 5-dən isə yenidən Daxili İşlər Nazirliyinin tərkibində Ali Dövlət Hakimiyyət və İdarəetmə Orqanlarını Mühafizə şöbəsi kimi fəaliyyətini davam etdirmişdir. 

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 1992-ci il 25 fevral tarixli fərmanı ilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Təhlükəsizlik Xidməti və Azərbaycan Respublikası DİN yanında Ali Dövlət Hakimiyyəti və İdarəetmə Orqanlarını Mühafizə şöbəsinin bazasında Azərbaycan Respublikasının Ali Dövlət Hakimiyyət və İdarəetmə Orqanlarını Mühafizə İdarəsi yaradılmışdır.

Xalqımızın ümummilli lideri Heydər Əliyevin xalqın tələbi ilə 1993-cü il iyunun 15-də siyasi hakimiyyətə qayıdışı ilə ölkəmizdə xüsusi dövlət mühafizəsi sahəsində də yeni mərhələ başlamışdır. Bu sistemin fəaliyyətində ən uğurlu və parlaq səhifələr məhz ulu öndər Heydər Əliyevin adı ilə bağlıdır. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səlahiyyətlərini həyata keçirən ümummilli lider Heydər Əliyev 1993-cü il avqustun 23-də Ali Dövlət Hakimiyyət və İdarəetmə Orqanlarını Mühafizə İdarəsi ilə 1991-ci il dekabrın 25-də yaradılmış Azərbaycan Respublikasının Milli Qvardiyasının bazasında Azərbaycan Respublikasının Ali Dövlət Hakimiyyət və İdarəetmə Orqanlarını Baş Mühafizə İdarəsinin yaradılması haqqında Fərman imzalamış, sentyabrın 20-də imzaladığı Fərmanla Baş Mühafizə İdarəsinin Əsasnaməsini və strukturunu təsdiqləmişdir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 06 may 2002-ci il tarixli Sərəncamı ilə Azərbaycan Respublikası Ali Dövlət Hakimiyyət və İdarəetmə Orqanlarını Baş Mühafizə İdarəsi Azərbaycan Respublikası Xüsusi Dövlət Mühafizə Xidməti adlanmışdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2008-ci il 21 avqust tarixli Sərəncamı ilə 23 avqust – Xüsusi Dövlət Mühafizə Xidməti əməkdaşlarının peşə bayramı günü elan olunub.

Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev 2020-ci il martın 16-da “Xüsusi dövlət mühafizəsi sahəsində idarəetmənin təkmilləşdirilməsi haqqında” Fərman imzalamışdır. Fərmana əsasən, Azərbaycan Respublikasının Xüsusi Dövlət Mühafizə Xidməti ləğv edilərək onun əsasında üç dövlət orqanı - Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Təhlükəsizlik Xidməti, Xüsusi Rabitə və İnformasiya Təhlükəsizliyi Dövlət Xidməti və Strateji Obyektlərin Mühafizəsi Dövlət Agentliyi yaradılmışdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 22 dekabr 2021-ci il tarixli Fərmanı ilə “Azərbaycan Respublikasının Strateji Obyektlərin Mühafizəsi Dövlət Agentliyinin Əsasnamə”si və strukturu təsdiqləmişdir. 

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 15 iyul 2022-ci il tarixli Sərəncamı ilə İ.R.Abbasov Azərbaycan Respublikasının Strateji Obyektlərin Mühafizəsi Dövlət Agentliyinin rəisi təyin edilmişdir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 24 sentyabr 2024-cü il tarixli Sərəncamı ilə  16 mart - Azərbaycan Respublikası Strateji Obyektlərin Mühafizəsi Dövlət Agentliyi əməkdaşlarının peşə bayramı günü elan olunub.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 22 oktyabr 2024-cü il tarixli Fərmanları ilə “Azərbaycan Respublikası Strateji Obyektlərin Mühafizəsi Dövlət Agentliyinin rəsmi emblemi haqqında ƏSASNAMƏ” və “Azərbaycan Respublikası Strateji Obyektlərin Mühafizəsi Dövlət Agentliyinin hərbi qulluqçularının hərbi geyim forması və fərqləndirmə nişanları haqqında ƏSASNAMƏ” təsdiq edilmişdir.